結直腸癌的治療仍以手術切除為主，以往會有許多人害怕要做人工肛門而放棄治療。但隨著醫療科技的進步，治療的方針朝向對病人傷害最少、盡量保留原有器官功能為最高原則。在治療前要仔細評估病人的年齡及當時身體狀況，還有疾病的期別、腫瘤大小及腫瘤長的位置，以選擇合適的治療計畫。
結直腸癌的治療可能包括手術、化學治療、標靶治療、及放射線治療；因國內各醫院的治療團隊各有不同，有些人直接至大腸直腸外科就診，但有些病人則可能是由健康檢查單位或內科轉由大腸直腸癌外科開刀，之後再轉由血液腫瘤科做化學治療或標靶治療，或轉至放射腫瘤科做放射治療。不過，也有不少醫院是由開刀的醫師直接依臨床指引(clinical guidelines)安排化學治療的療程。
因此，在治療之前，要先瞭解醫師所安排的療程，及每一個階段可能面對的科別醫師。
